Jurusan dan Program Studi Fisika yang sekarang bernaung di bawah Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Udayana dibentuk melalui Surat Keputusan Rektor Universitas Udayana No. 613/PT.17/La.012/1984 tanggal 1 Juli 1984. Salah satu dasar pertimbangan dikeluarkannya keputusan di atas adalah adanya pemahaman untuk membentuk suatu wadah yang khusus digunakan untuk menangani ilmu-ilmu dasar (basic sciences). Di samping itu, disadari pula bahwasannya proses pembangunan di berbagai bidang melalui pemanfaatan ilmu-ilmu terapan (applied sciences) sangat membutuhkan dukungan dari perkembangan dan penguasaan ilmu-ilmu dasar.

Selanjutnya, keputusan rector di atas ditindaklanjuti oleh Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi bernomor No. 63/DIKTI/Kep/1988 yang memutuskan bahwa kedudukan Sub-program Studi Fisika dikelola di bawah Fakultas Peternakan Universitas Udayana. Surat keputusan tersebut juga menyatakan bahwa sub-program studi ini adalah program sarjana (S1) dan merupakan program studi antar fakultas yang dalam pelaksanaannya dilakukan kerjasama dengan FMIPA Universitas Airlangga dan FMIPA Institut Teknologi Sepuluh Nopember Surabaya.

Berdasarkan Keputusan Dirjen No. 92/DIKTI/Kep/1989 tertanggal 20 September 1989; maka Sub-program Studi Fisika dubah menjadi Program Studi Fisika. Program studi ini merupakan Program Studi antar Fakultas di bawah Rektor dan merupakan Program Strata 1 (S-1). Kemudian, melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0382/0/1993 tanggal 22 Oktober 1993 diputuskan untuk membentuk Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Udayana yang terdiri dari 3 program studi (PS) yaitu PS. Fisika, PS. Kimia dan PS> Biologi. Terakhir, dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi SK No. 07/Dikti/Kep/1994 tanggal 15 Januari 1994 maka FMIPA Universitas Udayana dinyatakan terdiri dari 3 jurusan yaitu Jurusan Fisika, Jurusan Kimia dan Jurusan Biologi.